正畸治療的目標要達到牙、頜、面的平衡。必然要涉及下頜的功能運動。從理論上講，口頜系統在中樞神經系統的調節與控制下，完成咀嚼、發育、吞咽、呼吸等生理功能，牙齦、咀嚼肌、顳頜關節間的生理平衡至關重要。
正常的牙齡關係是肌肉進行正常功能活動的基礎，肌肉的正常功能活動，又是使牙齡關係保持正常和顯頜關節有正常功能的重要因素，同樣，顓頜關節的功能、結構、形態的正常又支持了牙齡和肌肉的正常功能活動。但是,顆頜關節疾病的影響因素卻遠不止於此。在學術界，正畸與顓頜關節疾病的關係一直沒有得出最終結論，二者之間到底有關無關,不同學派的學者們爭論不休。正畸治療能否改善或治療額頜關節疾病，也尚無定論。隨著正畸學的發展和顓頜關節疾病的深入研究，人們越發注意正畸治療過程中的顳頜關節問題了。
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